課題 A
「医薬品の標的組織への暴露や医薬品併用時の変動幅を予測したいが、
実用に耐えられる方法、成功した方法があればその特性とあわせて教えて
頂きたい。」
提案：楠原 洋之（東京大学大学院）
回答：加藤 基浩（中外製薬（株）） |
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課題 B
「OMICS研究の現状と問題点」
提案：一石 英一郎（東北大学）
回答：美宅 成樹（名古屋大学）
回答：小西 智一（秋田県立大学） |
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課題 C
「当研究室では、液相系でのリガンドまたはレセプターの迅速スクリーニング法について検討している。現在、BST-1（bone marrow stromal antigen 1；リウマチ関連）と、これに対するペプチドリガンドSNP-1との相互作用を計測し、固相法によるデータとの相関を得ている。（1アミノ酸置換による変異体リガンドの親和性についての検討もおこなっている。） そこで、これらの実験データをソフトウェアによるドッキング解析と比較したいのだが、どのようなソフトによりどの程度の解析が可能と考えられるか、アドバイスをお願いしたい。また、上記に類似すると思われる反応のドッキング解析例があればご教示いただきたい。なお、SNP-1は15アミノ酸のペプチドであり、BST-1については”GPIanchored membrane
receptor”の一つであり、 活性部位のアミノ酸配列はわかっています。（文献3件ほど有ります）」
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課題 D
「酵素リパーゼが非天然型光学活性化合物に示す選択性の発現機構を調べるために、酵素-キラルリガンドの複合体構造の分子シミュレーションを行っている。現在、 Glideで複合体構造を評価した後、分子動力学およびフラグメント分子軌道計算により酵素と基質分子間の相互作用を解析し、実際の触媒反応における選択性との間に相関関係がないか調べている。他に、目的とする相関関係を調べるためのより良い方法やソフトはないだろうか？
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