<CBI学会主催ワークショップ>

NAMDによる自由エネルギー計算の講義と実習、及び、TSUBAME3.0の見学会

<CBI Workshop>
"Hands-on" Workshop on Enhanced Sampling and Free-Energy Calculations at Tokyo Institute of Technology


Prof. Christophe Chipot
University of Illinois at Urbana-Champaign
Vandoeuvre-les-Nancy cedex, France, and Department of Physics

Tokyo Institute of Technology will host a one-day workshop dedicated to advanced sampling strategies and free-energy calculations, in association with the NIH Center for Macromolecular Modeling and Bioinformatics and the CNRS-University of Illinois at Urbana-Champaign Associated International Laboratory. Attendants of the workshop will be introduced to state-of-the-art simulation techniques aimed at enhancing sampling, identifying reaction paths and determining free-energy changes along them, using the popular programs NAMD and VMD. Particular emphasis will be put on host-guest recognition and association phenomena, notably protein-ligand binding. The workshop is targeted at an intermediate to advanced audience. In a hands-on session participants will be proposed different tutorials covering various aspects of free-energy calculations applied to concrete, practical cases.

DATE March 5th, 2018 (10:00~17:00)
PLACE Tokyo Institute of Technology, Ookayama Campus
Global Scientific Information and Computing Center (GSIC)
MAP http://www.gsic.titech.ac.jp/en/node/193 (Conference room)
PARTICIPANTS 20 persons (free of charge to participate)

Schedule

  1. 9:30 ~ 10:00 Check in

  2. 10:00 ~ 12:00 Lecture

  3. 12:00 ~ 13:00 Break (Lunch will not be provided.)

  4. 13:00 ~ 16:00 Tutorial

  5. 16:00 ~ 17:00 TSUBAME3.0 Tour(in GSIC)

NAMD: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

Registration to attend is under construction.


NAMDの開発にも関わっておられるProf. Chipotによる、自由エネルギー計算法の講義と実習、及び、東京工業大学のスーパーコンピュータTSUBAME3.0の見学会を下記のように開催いたします。実習は参加者のPCで実施し、あらかじめ必要なソフトウエアのインストールをお願いいたします。実習のレベルは、MD計算を実施した経験がおありの方を想定しています。

NAMD:イリノイ大学で開発されている分子動力学計算のソフトウエア
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

日時 2018年3月5日(月)10:00-17:00
場所 東京工業大学(大岡山キャンパス)学術国際情報センター 3階 第2実習室
http://www.gsic.titech.ac.jp/node/192
募集人数 20名程度(別途、東工大学生の優先枠(5人)があります。)
参加費 無料
共催 東工大 学術国際情報センター 計算化学研究会 (主査 川内進先生)
講師 Prof. Christophe Chipot
University of Illinois at Urbana-Champaign Vandoeuvre-les-Nancy cedex, France, and Department of Physics
http://www.ks.uiuc.edu/~chipot/

スケジュール (講義及び実習は英語で行います。)

  1. 9:30 - 10:00 受付

  2. 10:00 - 12:00 講義

  3. 12:00 - 13:00 休憩(各自でご準備ください。)

  4. 13:00 - 16;00 実習

  5. 16:00 - 17:00 TSUBAME3.0見学(学術国際情報センター内)


参加申込み
準備中
お問い合わせ
◆情報計算化学生物学会(CBI学会)事務局
  
   TEL:03-6890-1087