<CBI Workshop>
"Hands-on" Workshop on Enhanced Sampling and Free-Energy Calculations at Tokyo Institute of Technology

Prof. Christophe Chipot
University of Illinois at Urbana-Champaign
Vandoeuvre-les-Nancy cedex, France, and Department of Physics

Tokyo Institute of Technology will host a one-day workshop dedicated to advanced sampling strategies and free-energy calculations, in association with the NIH Center for Macromolecular Modeling and Bioinformatics and the CNRS-University of Illinois at Urbana-Champaign Associated International Laboratory. Attendants of the workshop will be introduced to state-of-the-art simulation techniques aimed at enhancing sampling, identifying reaction paths and determining free-energy changes along them, using the popular programs NAMD and VMD. Particular emphasis will be put on host-guest recognition and association phenomena, notably protein-ligand binding. The workshop is targeted at an intermediate to advanced audience. In a hands-on session participants will be proposed different tutorials covering various aspects of free-energy calculations applied to concrete, practical cases.

DATE March 5th, 2018 (10:00~17:00)
PLACE Tokyo Institute of Technology, Ookayama Campus
Global Scientific Information and Computing Center (GSIC)
MAP http://www.gsic.titech.ac.jp/en/node/193 (Conference room)
PARTICIPANTS 20 persons (free of charge to participate)
ASSISTANT Dr.Kazuhiro Takemura(The University of Tokyo)
ORGANIZER Prof. Toshio Watanabe(Tokyo Institute of Technology, Global Scientific Information and Computing Center (GSIC))、Okimasa Okada(Mitsubishi Tanabe Pharma Corporation), Hiromu Egashira(Ono Pharmaceutical Co., Ltd.), Atsushi Midorikawa(World Fusion Co., Ltd)


  1. 9:30 ~ 10:00 Check in

  2. 10:00 ~ 12:00 Lecture

  3. 12:00 ~ 13:00 Break (Lunch will not be provided.)

  4. 13:00 ~ 16:00 Tutorial

  5. 16:00 ~ 17:00 TSUBAME3.0 Tour(in GSIC)

NAMD: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

Those who wish to participate, As the subject line of the mail as [CBI Workshop] Complete Name, affiliation, e-mail address and please send an e-mail to " seminar(at)cbi-society.org ((at) » @)".

NAMDの開発にも関わっておられるProf. Chipotによる、自由エネルギー計算法の講義と実習、及び、東京工業大学のスーパーコンピュータTSUBAME3.0の見学会を下記のように開催いたします。実習は参加者のPCで実施し、あらかじめ必要なソフトウエアのインストールをお願いいたします。実習のレベルは、MD計算を実施した経験がおありの方を想定しています。


日時 2018年3月5日(月)10:00-17:00
場所 東京工業大学(大岡山キャンパス)学術国際情報センター 3階 第2実習室
募集人数 20名程度(別途、東工大学生の優先枠(5人)があります。)
参加費 無料
共催 東工大 学術国際情報センター 計算化学研究会 (主査 川内進先生)
講師 Prof. Christophe Chipot
University of Illinois at Urbana-Champaign Vandoeuvre-les-Nancy cedex, France, and Department of Physics
アシスタント 竹村和浩先生(東京大学)
世話人 渡邊寿雄先生(東京工業大学 学術国際情報センター)、岡田興昌(田辺三菱製薬株式会社)、江頭 啓(小野薬品工業株式会社)、緑川 淳(株式会社ワールドフュージョン)

スケジュール (講義及び実習は英語で行います。)

  1. 9:30 - 10:00 受付

  2. 10:00 - 12:00 講義

  3. 12:00 - 13:00 休憩(各自でご準備ください。)

  4. 13:00 - 16:00 実習

  5. 16:00 - 17:00 TSUBAME3.0見学(学術国際情報センター内)

(種別) (料金)
法人会員 無料
一般 個人会員 無料
非会員(一般) 無料
学生 学生会員 無料
非会員(学生) 無料