FMO チュートリアル
―創薬研究に役⽴つ機能の紹介と
新開発の FMO 計算支援ソフト"FU"と GAMESS を用いた計算実習―
CBI学会 FMO研究会 主催
「FMOチュートリアル(10月28日)の事前準備について」を下の方に記載しました。(10/16)日時:2013年10月28日(月)13:30-17:30
場所:タワーホール船堀 401
募集人数:30名
講師:北浦和夫(神戸大学)、Dmitri G. Fedorov (産業技術総合研究所)ほかプログラム
1 講義 (13:30~15:10)
休憩
- FMO法の説明
- 創薬で役立つ機能(部分構造最適化、溶媒モデル等)の説明
- GAMESS-FMOの説明
2 実習 (15:20~17:00)
3 質疑応答 (17:00~17:30)
- FMO計算支援ソフトウェア「FU」の機能と使い方
- モデル系を用いた様々なFMO計算の実習
- タンパク質- リガンド複合体モデルの計算と結果のグラフ化
GAMESSのダウンロード(Windows版実行形式であればコンパイルの必要がありませんので比較的簡単です)を済ませておいていただければ、初心者でも参加可能です。 USBメモリでデータの受け渡しができるパソコンをご用意ください。例題などで使うデータ全てをUSBに入れて配布する場合もあります。GAMESSの使用ライセンスを取ってもらう必要がありますので、GAMESSのプレインストールは条件とします。
GAMESSのインストール: http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html
参加申込み
定員に達しましたので申込を締め切りました。
FMOチュートリアル(10月28日)の事前準備について(平成25年10月14日メモ)
1.FUの配布について実習で使用するFMO計算支援ソフトウェアFUを公開します。fu-14Oct2013.zipファイルを http://cbi-society.org/home/documents/fu-14Oct2013.zip からダウンロードして、解凍してください。
解凍してできたfu-14Oct2013フォルダーをC:¥ドライブの直下にコピーしてください(C:¥fu-14Oct2013)。
まず、このフォルダ内の"doc"フォルダにあるREADME(C:¥fu-14Oct2013¥doc¥README.pdf)を読んでください。
FUの説明書は、このフォルダにある"fu-UsersGuide-ver0.02.pdf"です。"GAMESSの実行.pdf"と"rms-fit-scriptの使い方.pdf"はUsersGuideの補足です。FUは、オープンソースソフトウェアとして公開しますので、コピーを自由に配布していただいて結構です。
2.FMOチュートリアルの実習内容
チュートリアルの実習内容は、fu-14Oct2013フォルダ内の"FMOTutorial"フォルダに「FMOチュートリアル実施要領平成25年10月28日.pdf」で説明しています。これをプリントしてお持ち下さい。
3.GAMESSの事前準備について
お使いのWindowsパソコンが64bitか32bitで使えるGAMESS(実行形式プログラム)が違いますので注意してください(FUは32bitでも64bitでも、2GB以上のメモリが実装されていれば動きます)。
1)64bit Windowsの場合
May 2013 R1, 2013-GAMESS-INTEL-LINUX.msiなどをダウンロードして下さい。
GAMESSのフォルダは、C:¥ドライブ直下にgamess.64の名前で作成して下さい(C:¥gamess.64)。2) 32 bit Windowsの場合
August 2011 R1, WinGAMESS.current.msiをダウンロードして下さい(GAMESSは古いバージョンですがこれ以外選択の余地がありません)。
GAMESSのフォルダは、C:¥ドライブ直下にwingamessの名前で作成して下さい(C:¥wingamess)。
このままでは、FUから使えませんので、FUの配布パッケージの中にある"wingamess"ディレクトリ内の"runwingms.bat"をC:¥wingamessフォルダにコピーして下さい。gamess.64のインストールは、"Installation Guide" に従って必要なMPI関連の設定を行って下さい。
wingamessの場合は上記バッチファイル(これはWindowsのコマンドプロンプトから使えます)をコピーするだけで使えます。(補足)FUでGAMESSを実行する場合(”Compute"-"GAMESS"メニューを実行する)、GAMESS(64 bit)とWinGAMESS(32bit )では動作が少し異なります。
前者が標準です。後者はGAMESSが実行される"Execute Program"パネルに計算途中の出力が表示されません。
"Execute Program"のプロット機能を使う場合は、計算が終わったあとで、"File"-"Read output file"メニューでoutputファイルを読み込んで下さい。