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<チュートリアル> |
第29回FMO研究会
FMOデータベースの実践チュートリアル
-生体高分子の認識機構解析: MD連携、核酸分子解析-
★CBI学会2022年大会への参加登録後、チュートリアルの参加登録を行ってください。 | ||
大会参加登録:≫こちらから チュートリアル参加登録(無料):https://forms.gle/sbTbNp6Mc1BKGFkTA |
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★事前準備について | ||
当日の実践操作のためのツール、プログラム、データを事前にご準備ください。 ≫詳細はこちらから |
チュートリアル参加費:無料 ただし、CBI学会2022年大会への参加登録(有料)が必要です。
フラグメント分子軌道(FMO)計算結果を収載したFMOデータベース(FMODB; (https://drugdesign.riken.jp/FMODB/) は、2019年2月の一般公開以来データ数を増やし、8月10日時点で14,924構造を公開している。最近では、富岳等のスパコンを用いたMDスナップショット等の大規模データを用いたFMO計算が始まっている。また、創薬ターゲットタンパク質に限らず、核酸等の様々な生体高分子に対してのFMO解析及びデータ収集の取り組みが広がっている。本セッションでは、FMODBの概要を紹介するとともに、実際にFMODBに登録されているデータを用いて、創薬研究に用いるための解析方法について紹介する。FMODBの詳細を知りたい方、実際にFMO計算結果を解析してみたい方のご参加をお待ちします。
加藤 幸一郎 Kouichiro Kato(九州大学 Kyushu University)
高谷 大輔 Daisuke Takaya(大阪大学 Osaka University)
渡邉千鶴 Chiduru Watanabe(理化学研究所 RIKEN BDR)
1. 13:00-13:05
はじめに
高谷 大輔 Daisuke Takaya (大阪大学 Osaka University)
2. 13:05-14:35
<チュートリアル> FMODBの紹介、動的平均FMOリガンド–タンパク質間相互作用解析
神坂 紀久子 Kikuko Kamisaka (理化学研究所生命機能科学研究センター RIKEN BDR)
量子化学計算の一つであるFMO法により得られる相互作用エネルギー(IFIE/PIEDA)はタンパク質-リガンド間相互作用解析及び創薬研究への応用が期待されている。私たちのグループではFMO計算データの蓄積を目的としたFMODBを開発し、FMODDコンソーシアムのメンバーによる計算、自動化前処理プロトコールで計算された結果等のFMOデータを閲覧するための簡便なインターフェイスをホームページから提供している。本セクションではFMODBが提供する機能や開発状況について紹介する。また、最新の機能としてMDスナップショットのような一連のデータセットに対するリガンド–タンパク質間のIFIE/PIEDA解析を行い、構造揺らぎを考慮した動的平均IFIE/PIEDAと活性値との相関を導出する。
14:35-14:55 休憩
3. 14:55-16:25<チュートリアル>FMODBを活用したリガンド-核酸-タンパク質間相互作用解析
宮川 柊兵 Shuhei Miyakawa(星薬科大学 Hoshi University)
リガンド‐核酸‐タンパク質の複合体における相互作用解析について、COVID-19関連タンパク質であるRNA依存性RNAポリメラーゼ(RdRp, RNA dependent RNA Polymerase)とレムデシビルの複合体を例に、FMODBのwebインターフェイスおよびBioStation Viewerを用いた解析を行う。関連研究の最新動向を紹介すると共に、核酸を含む系の相互作用解析に必須となるラダー図の作成などを実践する。
4. 16:25-16:35まとめ
加藤 幸一郎 Koichiro Kato(九州大学 Kyusyu University)
5. 16:35-17:00
個別相談等
*各チュートリアルの途中で適宜休憩をはさむ予定です。
チュートリアルでの説明と並行して、実際にFMODB、BioStation Viewerの操作を行っていただきます。希望者はFMO創薬コンソーシアムのホームページから公開されているBioStation Viewerの事前インストールを行ってください。BioStation Viewer は以下のページからダウンロードできます: https://fmodd.jp/biostationviewer-dl/
なおチュートリアルで実際に使用する最新版のBioStation Viewer等のプログラムやデータについては、チュートリアル開催の一週間前 (10/17)をめどに下記のサイトでご案内する予定です。
https://drugdesign.riken.jp/pub/CBI2022tut/