CBI学会2026年大会

オーガナイザー

芹沢貴之（第一三共株式会社）
T.B.A.

セミナー概要
　リガンド親和性の予測技術、主に自由エネルギー摂動法(FEP)はこの数年間で大きな進歩があり、オープンソースのツールも数多く開発されてきています。FEPの計算にはタンパク質-リガンドの複合体構造が必要になります。そして近年AIによる複合体構造予測手法についてもオープンソースツールの開発が盛んに行われています。 　
　そこで本チュートリアルではこのようなオープンソースツールによる、複合体構造予測から親和性予測までの一連の流れを紹介するとともに、実際にハンズオンを行っていただきます。このハンズオンを通じ、技術の現状について、学んで頂ける内容になります。

参加にあたって

本ハンズオンは中級者以上向けとなるため、以下のスキルを前提とします。

• condaコマンドによる環境構築がご自身で可能
• 有償 or 無償ツールによるドッキングの計算経験

オーガナイザー

高谷 大輔（大阪大学）
神坂 紀久子（理研）
加藤 幸一郎（九州大学）

開催趣旨
　フラグメント分子軌道（FMO）計算結果を収載したFMOデータベース（FMODB; https://drugdesign.riken.jp/FMODB/）は、2019年2月の一般公開以来データ数を増やし、2025年12月18日時点で87,239個のFMO計算データ(ユニークなPDB ID: 32,030) を公開している。最近では、富岳等のスパコンを用いた大規模な解析、SCOP2のタンパク質基本フォールド代表構造の網羅計算、FMOデータからの相互作用エネルギーの特徴量抽出やAI予測等の取り組みも進んでいる。本セッションでは、初学者向けのFMODBの概要の紹介から、実際に登録されているデータを用いたMD-FMO法、創薬研究のための解析方法や最新の研究事例等を紹介する。当日は、実際のFMO計算の解析をチュートリアル形式で実施する。FMODBの詳細を知りたい方、実際にFMO計算結果を解析してみたい方のご参加をお待ちします。

【プログラム】

13:00-13:05　はじめに　加藤幸一郎（九州大学）

13:05-14:35　
「FMOデータベースの紹介とデータ活用方法」
高谷 大輔（大阪大学）

量子化学計算の一つである FMO 法により得られる相互作用エネルギー(IFIE/PIEDA) はタンパク質-リガンド間相互作用解析及び創薬研究への応用が期待されている。我々のグループでは FMO計算データの蓄積を目的としたFMODBを開発し、FMODDコンソーシアムのメンバーによる計算、自動化前処理プロトコールで計算された結果等のFMOデータを閲覧するための簡便なインターフェイスをホームページから提供している。本セクションではFMODBが提供する機能や開発状況について紹介する。また、FMODB データの活用に向けた、ターゲットタンパク質の構造情報等の各種条件設定によるデータ検索のデモンストレーションも行う予定である。

14:35-14:55　休憩

14:55-16:25
「FMODBを活用したリガンド–タンパク質間の動的平均相互作用解析」
森 義治（九州大学）

リガンド‐タンパク質間の動的平均相互作用解析について、CDK2を題材にFMODBのwebインターフェイスおよびBioStation Viewerを用いた解析を行う。関連研究の最新動向を紹介すると共に、一連のMDスナップショット構造に対するFMO計算で得られた複数のcpfファイル（IFIEなどの各種数値が格納されたファイル）から１つの動的平均cpfファイルの作成を行い、動的平均cpfファイルを用いた解析を実践する。

16:25-16:35　まとめ　加藤 幸一郎（九州大学）

16:35-17:00　個別相談等

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・参加費： 無料
・申込〆切： 10月16日 （金）
・定員： 35名
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※申し込み多数の場合は、新規参加の方を優先するためご希望に添えない場合がございます。あらかじめご了承ください。